1) Можно попробовать сохранить вторую копию не в HuffYUV, а в Pegasus MJPEG с качеством 19. Для исходника, взятого с VHS, никаких потерь не будет абсолютно. Файл MJPEG будет занимать гораздо меньше, чем файл HuffYUV, и будет лучше совместим с монтажными программами.
2) На этот вопрос я ответа не знаю. Предпочитаю, чтобы за меня считала битрейт, умещала на диск и занималась прочими тонкостями монтажная программа. Пока пожаловаться, как она это делает, не могу. Возможно, вам тоже подойдёт такой подход?
3) См. предыдущий пункт. Монтажка умеет сама рассчитывать битрейт, исходя из размера. Может, пусть она занимается расчётами?
4)
Мой подход к оцифровке и ресайзу.