[Rodrigo_F]

По всей вероятности, у вас проблема с портом USB. Файлы, при копировании по нему на флешку не проходят полностью операцию копирования - например тот же подсчет и запись его контрольной суммы.
Тестировать надо порт.
Попробуйте, например, грузить с привода Live CD с поддержкой USB (или ей подобные, например LEX DVD поддерживает USB) и там проверить операцию копирования. Если картина та же - виновато железо, и по всей вероятности USB порт.