[kim-aa]

Их специалист предложил обжать видую пару (подключенную в контроллере системы по RS232) на RJ45 и воткнуть в сетевую карту . Говорит,*что после установки драйвера она будет работать, как ещё один COM-порт. Пяткой себя в грудь бьёт, что работать будет даже через свитч. Допустим, что такой шаманизм действительно будет работать. Вопрос в том, насколько надёжно. Не будет ли этот драйвер вешать систему (win2000)? Не сгорит ли сетевая карта (или порт свича)? Не уменьшится ли скорость сети? »

Если оконечное устройство поддерживает режим СОМ_over_IP; RS232-over-IP, то возможно и надежно (т.к. скорости низкие).
Если такого режима в оконечном оборудовании не заявлено - это его эротическая фантазия

И каким образом в ПО (например, Болид-Орион или Gate) можно указать в качестве номера COM-порта сетевую карту? »

Не карту. Просто в системе появится еще один ком порт. А вот в его настройках (точнее настройках драйвера эмуляции) и будет описано куда нужно долбится за откликом.