[DJ Mogarych]

Должно же межкадровое кодирование быть ещё какой-то пророст степени сжатия! »

Безусловно. Но сжатие без потерь — это тоже покадровое сжатие, только, в отличие от MJPEG, который каждый кадр сжимает с потерями алгоритмом JPEG, сжатие без потерь каждый кадр сжимает алгоритмом, широко используемым в архиваторах.

Точно нельзя сжать Mjpeg без потерь? »

Понятие "без потерь" имеет два значения. Первое означает то, что потерь не будет с точки зрения информации, а второе — что потерь не будет с точки зрения зрителя, смотрящего на картинку и не замечающего разницы.
Так вот, сжать файл MJPEG без потерь в первом значении нельзя.
Во втором — очень даже можно. Визуальная потеря информации зависит от экономии на битрейте или увеличения значения квантайзера (см. настройки XviD).

какой кодек лучше использовать для сжатия Mjpeg с минимальной потерей информации? »

Это зависит от степени ценности архивчика, а также от его первичных характеристик.
Если архивчик ценен, сделайте DVD с красивым удобным меню, например, в Pinnacle Studio. Блю-рэй делать смысла нет, потому что качество исходника не дотягивает.
Также можно закодировать файлы в XviD или x.264.
Все эти варианты при правильной настройке дадут хорошее качество при меньшем, чем у MJPEG, размере файла, и с точки зрения зрителя потерь не будет.