[Misha hm]

Здесь соотношение 16:9, я так понимаю, что надо сменить на 4:3 »

Не факт.

Какие ещё могут быть варианты? »

1) Открываете видео в MPC и изменяете Aspect Ratio (Соотношение сторон) с помощью Override Aspect Ratio на 4:3 - если изображение примет правильный вид, то это и есть искомое AR, которое нужно задать при перекодировании.
2) Если в п.1 изображение приняло не совсем правильный вид (слишком вытянуто), то, предварительно заново открыв видео в MPС, с помощью кнопки на NumPad 8 растяните изображение до нормального, а внизу появиться строчка, в конце которой будет показан текущий AR - его и задавайте в фильтре при перекодировании.
С графическим редактором тоже можно попробовать.