[exo]

контроль трафика сторонней организации вещь тоже не маловажная так что роутер не подходит. »

-- б) шлюз на Юникс (SQUID, NETams и т.д.) »

----------

набор оборудования и ПО уже есть и собирать придется сугубо из него »

я вроде не превысил, ну может железо, под шлюз можете поставить хоть простой комп, если ЮНИКС.

Win 2008 r2 Enterprise »

могли бы купить SBS сервер, он объединил бы контроллер домена и почту, а так - желательно разделять.
Т.к. у вас пока 50 машин, то AD + Exchange думаю не особо будет напряжно на одном сервере, раз уж железо больше не купите.