[Admiral]

LilLoco форма в своей программе или сторонней?
В своей ввести глобального переменные типа HWND и при создании CheckBox присвоить переменным дескрипторы последних.
Также не помешает присвоить идентификаторы CkeckBox'ам, если CheckBox'ы создаются непосредственно функцией CreateWindow(Ex), это третий параметр с конца.

Код:

enum CheckBoxIds {CheckBoxXId = 1, CheckBoxXId2, CheckBoxXId3};
//...
CreateWindow(
	TEXT("BUTTON"),
	NULL,
	WS_CHILD | WS_TABSTOP | BS_AUTOCHECKBOX,
	CW_USEDEFAULT, CW_USEDEFAULT, 
	CW_USEDEFAULT, CW_USEDEFAULT,
	hWnd, 
	(HMENU)CheckBoxXId, 
	cs.hInstance,
	NULL);

Для чужой программы неплохо бы сначала натравить Microsoft Spy++ см. пост за Monday, November 16, 2009 6:06 PM от CookieRevised, а там видно будет - принадлежат чекбоксы именно панельки или глобально форме.
В первом случаи указывать FindWindowEx искать дальше в панельке дочерние окна, во втором отбросить что найдена панелька и искать дальше чекбоксы, такие же дочерние окна как и сама панелька у формы.