[vadblm]

Хотя хотелось бы чтобы один был Master второй Slave »

Зачем хотеть странного? У SATA нет понятия деления на Master/Slave, хотя для обратной совместимости подразумевается, что все сата диски - мастеры.

при разбивки диска создаютсья маленькие не размеченые разделы размеров 900 кб »

В конце диска? Таков уговор. Неразмеченная область нужна для некоторых случаев жизни, например RAID там хранят метаданные о массиве.
В начале диска? Опять же таков уговор - первый раздел должен начинаться с определённого сектора (63-го чаще всего).