[Angry Demon]

Не знаю, как правильно указывать протоколы и порты, чтобы фильтр считал только интернет трафик, не затрагивая локальный обмен

Правило:
Источник - Мой компьютер -> Назначение: Адреса глобальной сети
Действие: Подсчитать
Всё есть в документации и примерах на сайте.

Еще один немаловажный минус для меня - на клиентской машине устанавливается монитор, который должен быть постоянно включен.

Не должен. На каждую клиентскую машину ставится TMeter в режиме службы и считает/запрещает/складывает отчёты куда-либо.

любой пользователь может, скажем так, на время отключать его и бесконтрольно качать драгоценные мегабайты

Сразу видно, документация не читалась. В "строгом режиме" отключение службы приводит к блокированию трафика вообще!