[gora]

var.txt Вы не привели. Я должен догадаться, что в нем?

If %a% EQU %b%

Переменная %a% имеет пробелы, значит переменные нужно заключать в кавычки.

//если а=б тогда выход

Символом комментария в батниках является слово REM и лучше его использовать в начале строки, а не в последней ее части.
Построение операторов сравнения нельзя произвольно менять, об этом написано в справке. Не меняйте без надобности месторасположение открывающих и закрывающих скобок, а также оператора Else. Это может сделать батник неработоспособным.

Код:

@Echo Off
Set b=W32i APP ENU 2.2.0.0 shp c:\windows\system32\r_server.exe
For /F "tokens=*" %%i In (c:\windows\var.txt) Do (
	Set a=%%i
	Rem Выход из цикла после чтения первой строки, если строк много. Если строка одна, то GoTo Next можно удалить
	GoTo Next
)
:Next
If Not "%a%"=="%b%" (
	Rem если а не равно б тогда процесс установки 
	copy /y "d:\t.exe" "c:\windows\system32\t.exe"
	copy /y "d:\settings.reg" "c:\windows\system32\settings.reg" 
	c:\windows\system32\t.exe /install /silence
	regedit.exe /s c:\windows\system32\settings.reg
)
Rem иначе выход
Pause>Nul
Exit

PS
Заключайте код батника в теги [code] - значок # на панели быстрого ответа.