Есть такая штука, так при загрузке Windows цепляет все физ.диски которые найдет в системе и начинает их монтировать, при возникновении проблем данная процедура будет долгой все зависит от качества томов на данных физ.дисках.
В доказательство загрузка ПК у которого два физ.диска - disk 0 и disk 1, flash - disk 2 (readyboost)
Попробуйте удалить точки монтирования данного винта в реестре раз, второе при установки системы у вас данного винта не было, после его установки в систему добавились драйвера и теперь при запуске начинается его поиск, но сильных тормозов не должно быть
