[MKN]

речь все-таки не о запуске установщика в режиме совместимости, а о запуске установленной программы. »

Именно так, а ещё точнее - только исполняемого файла этой программы.
А так как, инсталлятор будет использоваться на разных машинах, то будет ли сохраняться совместимость для этого файла на них, (при проведении манипуляций с реестром, описанных выше, и добавлении запуска рег-файла из инсталлятора) ?
С путями проблем не будет, это уже "забота" самого инсталлятора.