[Valeant]

У меня было наподобие на двух разных физ.дисках стояло Vista и Win7, загрузка через F8 выбор винта, т.е. win7 устанавливалась при выключенном диске с vista.
На то время пользовался ранней версией Auslogics для defrag винта, на Win7 и на vista стояла одна и та же версия, после того как на vista делался дефраг именно своего физ.диска, то при запуске win7 выплывал chkdsk (именного своего физ.диска) хотя на vista физ.диск win7 дефраг неделался, на сегодня проблема решена, новой версией Auslogics таких проблем нет.
Аналогично заметил, с использованием ProcMonitor, что из под win7 пробегает доступ к физ.диску c Vista.

Попробуйте с использованием ProcMonitor