[myhouse_1991]

\CurrentVersion\App Paths у меня итак всегда включен, так как я всё что только есть всегда использую! Но это для меню Run подходит, но не для cmd.exe.

Лучше поздно, чем никогда.
Недавно я изучал запуск функций из DLL файлов с помощью RUNDLL32.EXE и там есть одна DLL'ка - shell32.dll, которая как раз отвечает и за "Выполнить..." (функция ShellExec_RunDLL).

Если создать run.bat, положить в %windir% и вписать следующее:

Код:

@echo off
rundll32.exe shell32.dll, ShellExec_RunDLL %*

То получим чистую копию "Выполнить..." в командной строке

Примеры использования:
run explorer.exe /separate
run http://127.0.0.1
run msconfig