Согласен, групповой политикой будет проблемно - лучше сделать скрипт на стороне сервера.
Чтобы много не заморачиваться - попробуйте powershell:
Код:

function ShutDown-Computer {
PROCESS {
$computer = Get-WmiObject Win32_OperatingSystem -computer $_ -EnableAllPrivileges
$computer.ShutDown()
}
}
('server1','server2','server3') | ShutDown-Computer
Выбрать в первый массив список ПК из OU - опять же PowerShell.
PS: имеет смысл оптимизировать время выполнения скрипта через проверку доступности (ping) каждого ПК (чтобы не ждать таймаутов)... Если заинтересует - могу поделиться кодом.