[Creat0R]

Одно из решении это поставить временно прозрачность окна на 254 (не прозрачное окно это 255, т.ч это должно быть не значительно).

Код:

#include <GUIConstantsEx.au3>
#include <ButtonConstants.au3>

Global $2

$1 = GUICreate("1", -1, -1, 300, 300)
$But = GUICtrlCreateButton("1", 50, 50, 80, 40, $BS_FLAT)
DllCall("User32.dll", "long", "AnimateWindow", "hwnd", $1, "long", 500, "long", 0x10)
GUISetState()

While 1
    $iMsg = GUIGetMsg(1)

    Select
        Case $iMsg[0] = $GUI_EVENT_CLOSE
            If $iMsg[1] <> $1 Then
                WinSetTrans($1, "", 254)
                DllCall("User32.dll", "long", "AnimateWindow", "hwnd", $iMsg[1], "long", 500, "long", 0x10 + 0x10000)
                WinSetTrans($1, "", 255)
            Else
                DllCall("User32.dll", "long", "AnimateWindow", "hwnd", $1, "long", 500, "long", 0x10 + 0x10000)
                Exit
            EndIf
        Case $iMsg[0] = $But
            Function()
    EndSelect
WEnd

Func Function()
    $2 = GUICreate("2", -1, -1, 500, 500, -1, -1, $1)
    GUISetBkColor(0xffffff)
    DllCall("User32.dll", "long", "AnimateWindow", "hwnd", $2, "long", 500, "long", 0x10)
    GUISetState()
EndFunc

И кстати, судя по скрипту, у вас старая версия AutoIt, возможно не помешало бы обновиться