[Entombed]

После установки роли контроллера домена в windows server 2008 r2 на компьютере появились такие общие ресурсы как: netlogon и sysvol »

Так и должно быть ...

Все пользователи домена имеют к ним доступ. »

Прошедшие проверку должны иметь доступ

Можно ли закрыть к ним доступ??? »

Можно но, не стоит этого делать.

А если всё оставить как есть, то что будет если глупый пользователь начнёт копаться и что-то удалит??? »

Если Вы не правили права на доступ то ничего простой рядовой пользователь не удалит ... об этом можно убедиться просмотря выданные права на сетевую шару.