[QRS]

месяц назад упал DNS (ну конечно удалось восстановить - частично), т.е. репликация не делается. »

Извините, не понятно как у Вас упал DNS! Зоны наверняка же были в AD?
И в чем проблема восстановить репликацию? - может стоит начать с восстановления инфраструктуры, а потом думать как починить службы верхнего уровня!?
---
Еще вопрос как распределены роли FSMO и GC?
И в какой из площадок стоит Exchange?

сначала начинает долбиться на второстепенный DNS а потом на основной »

Какие сервера заданы клиентам (и серверу Exchange) в качестве DNS-серверов?
Было бы неплохо посмотреть схему сети (с диапазонами адресов и адресами серверов), и как обеспечивается свзять между площадками - VPN?