[NiOl]

Вообще заданеи не совсем понятно, но если экзешники самораспаковывающиеся, то должно сгодится так:

Код:

@echo off
SetLocal EnableExtensions

for /f "tokens=* delims=" %%D in ('dir /b /on *.exe') do call :Proceed "%%D"
exit

:Proceed
md %~n1
cd %~n1
%1
cd ..
exit /b

зы: если не сработает или результат несовсем подходит, то опишите задачу подробнее.