[MKN]

само сканирование продлилось около двух часов »

К "чистильщикам" реестра и пр. отношусь крайне отрицательно. Проку на копейку, а затрат времени и непредсказуемых последствий, не счесть.
Куда разумнее сделать образ ОС со всеми настройками и в случае неприятностей, восстанавливаете всё за 5-10 минут. А не два часа (пусть даже и менее) сканировать реестр для выявление и тем более сомнительного исправления ошибок. Пустая трата времени, а кто покупает всю эту чистящую лабуду - и денег.

А чтобы не засорять ОС, при установке-удалении софта надо использовать грамотные Анинсталлеры, делающие снимки системы и реестра перед установкой. Удаление (по сути откат в исходное состояние), абсолютно безопасно и чистить нечего.