[NiOl]

1. Позволю себе ткнуть пальцем:
EnableExtensions - включает режим, при котором у комманд появляются расширенные возможности, например можно будет пользоваться арифметикой.
EnableDelayedExpansion - включает очень полезный режим, при котором можно пользоваться переменными внутри циклов и блоков условий, а также использовать переменные как индексы при обработке других переменных (правда при всех плюсах этот режим может стать причиной нежелательных изменений данных и как следствие - появление глючков).

2. По самому тексту - не очень то понятна логика Ваших подстчетов. Уточните пожалуйста, не является ли он компиляцией двух отдельных - пинга и анализа статистики (блок анализа похож на отдельный, вызываемый раз в день)

3. Есть некритичные замечания по тексту:
- set "site=127.255.255.255" - лучше писать set site=127.255.255.255 и в некотрых необходимых случаях set site="127.255.255.255"
- эта конструкция 1>nul 2>&1 MD "%systemdrive%\AN-80\%mes%\%date%" мне непонятна. Просто перенаправление сообщений? Если "да", то почему так?
- На кой нужна точность в сотые доли от процента? Да и вообще, вместо оценки доступности за 1 раз (4 посыла пинга за раз) наверно хватило бы пинговать только 1 раз. В Вашем случае получается различие статистики - 100% потерь означает недоступность одного ресурса (возможно из-за отсутствия иНета, а может и нет - для этого надо проверять несколько ресурсов), а в случае меньшего процента потерь однозначно говорит, что иНет есть, а вот его "качество" или надедность пингуемого ресурса "не очень".
- Каждый пинг сопровождается рассчетом с пробегом по всему логу... понятно, чем это кончается для сервака и времени между очередными пингами к концу дня... Возможно вы так поступили, чтобы при смене дат в каталоге остался последний результат... при этом каждый раз удаляете месячный отчет а в конце пытаетесь подбить по нему итоги...

Думаю Вы стали жертвой постоянных "улучшений и дописываний кода" - это тупиковая ветвь. По хорошему, если для Вас это важно - предлагаю сесть и серьезно проработать техническое задание и формат данных, выложить все сюда с кусками уже отлаженного кода (типа отсылки мыла) и уже вместе пытаться сделать новый рабочий отчет "все в одном". Не скажу, что это будет быстро и легко, но меньше будет непоняток.