[Dirk Diggler]

У меня аналогичная проблема. Чисто визуально - видно, что область уведомлений "стартует" позже программ, помещающих туда свои значки". В подтверждение сей теории говорит то, что не отображаются только те программы, которые в автозагрузке, причем с быстрой загрузкой - Punto Switcher, миранда, The Bat!. Скайп, скажем, отображается, т.к. размещает туда свой значок после логина, а тот происходит долго.
Отображать все значки - не вариант, у меня экран маленький, а значков много.