[zonderz]

Можно ли как-то избавится от этого сообщения? »

можно:
http://tinyurl.com/2vhpwsh

а можно написать 2 строчки в AutoIt (функция RunWait...) или VBS (функция Run) и не париться...

Проблема эта возникла вроде только в семёрке.. в XP вроде её не было.. хотя может я что-то и путаю.. »

Проблема в program2, а не в семерке. Или же вы жмете Ctrl+C, Ctrl+Break в окне сценария.... Или при закрытии bat-файла, когда тот запускает файл.

[nick34]

zonderz, спасибо - воспользовался AutoIt.

[seriych]

Где-то видел, что кто-то писал, что в таких случаях можно вставлять echo n. Сам не проверял.

[AUTO-NEK]

Попробуй такой вариант
start /wait E:\fold\program1.exe | echo Y

[Trolzen]

Ещё можно просто нажимать Ctrl+C два раза подряд.