[exo]

2. Что выбрать в качестве хост-ОС и гипервизора. »

хост ос Windows Server R2 DATACENTER Edition - там все виртуальные машины бесплатны.
или
хост ос с ролью только Huper-V - в этом случае хостовую ОС лицензировать не нужно.

1. Насколько такая архитектура оптимальна по отказоустойчивости и простоте обслуживания. »

на виртуальных машинах проще для восстановления, по производительности - не знаю...

3. Как можно красиво включить в домен учетки юзеров и права с файлового сервера? Там довольно много сделано, не хотелось бы руками перелопачивать. »

я кроме рук средств не знаю...