[gora]

shao, Вы видимо меня не поняли. Вы же "рубите сук на котором сидите". Файл install.cmd запускает файл run.cmd и ждет пока тот не завершит свою работу и не возвратит управление командой Exit. Теперь смотрите что делает Ваш файл run.cmd (кавычки расставил для корректности файла)

Код:

@echo off

del "%userprofile%\Recent\*.*" /Q
del "%windir%\Prefetch\*.*" /Q
del "%userprofile%\Local Settings\Temp\*.*" /Q
pushd "%userprofile%\Local Settings\Temp"
rd /s /q .
popd
exit

Когда файл дойдет до выделенной красным команды, то он уничтожит ВСЕ в папке Temp в том числе и оба батника. Файл run.cmd перестает существовать и после красной команды более ни чего не совершает и до команды Exit не дойдет, а следовательно и не вернет управление первому файлу install.cmd, который так и будет ждать ответа от, несуществующего уже, файла run.cmd. Теперь понятнее?
Не распаковывайте скрипты в директорию, которую Вы собираетесь ими же уничтожить!

Для удаления в модуле есть команды Delete="file_or_folder_name", которых вполне достаточно для вашей задачи и никаких батников при этом не потребуется.