[Guest]

Вы наверняка загружались (хоть 1 раз) в 2003 когда он стоял на первом диске а будущий клон был подключен вторым. XP и 2003 мапят id дисков на буквы томов и это храниться в реестре. Потом когда вы сделали клон и пытаетесь загрузиться со второго диска он определяет букву этого диска (совсем не ту которая нужна). А далее просто не работают пути. Ваша ситуация очень на это похожа.
Можете проверить - подключить первый диск (если он еще жив), а грузиться все равно с клона загрузка пройдет и диски будут иметь свои перевоначальные буквы.
Эсли это произойдет лезите в реестр HKLM\system\mounteddevice можете там все рюхать, выключаться и заново делать клон.