А так вот нельзя?
Код:

Set Baselist="kuku.txt","kuku1.txt"
Set Otkuda="H:\Delete"
Set Kuda="H:\Delete1\"
for /R %Otkuda% %%i in (%Baselist%) do copy "%%~fi" %Kuda%
Здесь переменной Otkuda присвоено имя директории в которой могут быть поддиректории разной вложенности, из которых берутся файлы, помянутые в списке. За просмотр поддиректорий отвечает ключ /R.
%%~fi расширяет имя файла в переменной %%i до полного имени (с путём).
Кавычки надо на случай того, что в имени файла или пути могут встретиться пробелы