Решил проблему.
Стандартная запись, к которой мы все привыкли:
Код:

[Registry]
Root: HKLM; SubKey: ; ValueType: ; ValueName: ; ValueData:
По умолчанию она справедлива для 32-х разрядных систем. 64-х разрядные её игнорируют, соответственно запись в реестр не производится.
Запись для 64-х разрядных систем выглядит так:
Код:

[Registry]
Root: HKLM64; SubKey: ; ValueType: ; ValueName: ; ValueData:
Естественно, ветки HKLM64 не существует (это только запись), всё пропишется туда, куда надо - в HKLM.