[Drinko]

...и маленькая программа, которая выбирает, с какого из разделов жесткого диска следует продолжить загрузку... это ли есть, все в том же fdisk, присвоение разделу С статус "активный", или это нечто непостижимое? »

Статус Активный читается BIOS, и позволяет ему определить с какого именно раздела будет считываться загрузочный сектор.
Если же взять Win9x, то этап DOS загрузки определяется файлами autoexec.bat и config.sys, а этап загрузки самой Windows определяется для 16-bit файлами MS-DOS.sys и Win386.ini, а 32-bit и GUI - реестром.

Как загрузчик ищет это ядро? »

По имени файла прописанном в нулевом секторе.

Такая ли же схема загрузки Windows 95 (в плане, фигурируют имена тех же файлов)? »

Здесь немного сложнее. Вначале происходит загрузка ядра для DOS-режима (файл IO.sys), после чего, если в интерпритатор (command.com) передана комманда WIN (или в MS-DOS.SYS имеется соответствующая директива), происходит загрузка ядра Windows.

Он находится в первом секторе загрузочного логического диска. »

Поправка - в нулевом