[NiOl]

Скрипт лучше всего держать в отдельной папке, вместе с другими скриптами, можно где-нить в софте. При этом скрипт будет аналогичен любой другой программе/внешней команде - можно вызывать практически откуда угодно (при всех ограничениях скриптов их несомненный плюс - открытый исходный текст, не требующий спец.софта для внесения изменений).
А вот запускать этот скрипт надо именно в папке-источнике, например лежит в D:\SOFT\Scripts\, а запускается (например поле "start in" в ярлыке) в E:\DB\1C\BackUp\, при этом отличие лог-файлов %~dpn0.log от %~n0.log будет в том, что в певом случае лог-файл ведется там, где расположен сам скрипт (D:\SOFT\Scripts\), а во втором случае - там, из какой папки запущен (E:\DB\1C\BackUp\).
Подобные скрипты обычно по шедулеру и запускаются.