[266903582]

1. 1,2,3 окна открываются как бы без проблем, но когда доходит очередь до 4го - к этому времени первые 3 упорно работают и постяонно с разным интервалом времени стают активными, что мешает правильнмоу запуску 4го окна и дополнитеьной проги к ниму. »

Тебе помогут следующие функции:

Код:

ControlSend ( "title", "text", controlID, "string" [, flag] ) 
ControlClick ( "title", "text", controlID [, button] [, clicks]] )

это значительно более надежные инструменты, чем Send() и позволяют работать не только с активными окнами.
Вместо остановок на Sleep() лучше испульзуй

Код:

WinWait ( "title", ["text"], [timeout] )

.

2. Как задать, что бы он проверял открыто ли сейчас все 4 окна»

Проверяем существование 4-х окон, после их появления продолжаем работать:

Код:

While Not WinExists("Win1","Win1 text") And Not WinExists("Win2","Win2 text") And Not WinExists("Win3","Win3 text") And Not WinExists("Win4","Win4 text")
	Sleep(100)
WEnd

3. Спустя какой то промежуток времени в окне появится кнопка, после ее появления окно следует закрыть »

Отследить появление кнопки можно по id. Пробуй

Код:

ControlGetText ( "title", "text", controlID)

Дождаться ее появления и закрыть окно просто:

Код:

While ControlGetText ( "title", "text", controlID) =""
	Sleep(100)
WEnd
WinClose("title", "text")