[minos66]

Видимо у вас проблема вызвана ошибкой CHKDSK The CHKDSK command incorrectly identifies certain security descriptors as not valid in Windows 2000. Это описание для Win2000, но ошибка сохранялась и на XP Home (SP3), и на Win2003 Server, и на Win Vista вплоть до SP1. Наверное стоит поискать хотфиксы для вашей Win2003...

Вот здесь почитайте Chkdsk in Vista 32-bit SP1 is corrupting security descriptors in Windows Vista Hardware and Devices

После проверки системного диска утилитой chkdsk перестал загружаться Windows