[Erekle]

до перезагрузки : ........Х:\Место распаковки\VirtualDJPortable\Data\VirtualDJ\Skins)»

Может быть (может и нет), дело в следующем. Если это портейбль от PortableApps (если там есть и папка App, точно оно). Продукты, изготовленные по этой технологии, во время запуска сохраняют изменяемые значения реестра, вносят изменения, а при закрытии заносят в реестр сохраненное. Раз нормального финала не было, в реестре остались измененные параметры. Если от PA, конечно.
Если не принимать во внимание ещё и ручное изменение файлов, в ситуациях с нестардантной перезагрузкой при работающем PA, иногда помогает повторный запуск программы с нормальным закрытием, но предварительно надо обязательно сохранить копию реестра (или создать точку восстановления), сохранить все нужные файлы из папки программы, которые могут содержать экспортированные из реестра данные и импортированные в него (на случай, если там могут появиться новые данные, которые не изначальные, а внесенные программой!). И надо посмотреть, что за данные в первоначальных настройках - эти рег-файлы вроде хранятся в папках \Data\settings и \App\DefaultData.