[Erekle]

Вообще-то в портабелизированных программах такое происходит с папками/файлами в пользовательском секторе - Мои документы и др. (но не на Рабочем столе), не помню, как в отношении папок и файлов в корне диска. Но гляньте - где у вас "песочница" программы (Thinstall, Xenocode или одноименная с программой) - в папке с приложением или в
C:\Documents and Settings\CodeName33\Application Data\Thinstall
C:\Documents and Settings\CodeName33\Local Settings\Application Data\Thinstall
C:\Documents and Settings\CodeName33\Local Settings\Application Data\Xenocode
(больше подозревается Xenocode)
Если корень диска чувствительное место, надо сохранять куда-нибудь в другом месте. Один из малозначимых минусов портабелизации.

Но это в общих чертах. А о разнице с NTFS и FAT32 - не знаю.