alex2010,
будут создаваться только те ярлыки, которые можно выбрать через Tasks.. как то так.
Код:

[Tasks]
Name: "desktopicon"; Description: "{cm:CreateDesktopIcon}"; GroupDescription: "{cm:AdditionalIcons}"; Flags: unchecked
[Icons]
Name: "{commondesktop}\{#MyAppName}"; Filename: "{app}\{#MyAppExeName}"; Tasks: desktopicon
в этом случае можно создавать ярлыки через секцию [Сode]