[Angkorbat]

Потому-что для изменения оборотов вентилятора нужно изменять напряжение, которое на него подается. А как вы собираетесь программно изменять и/или контролировать стабилизированное напряжение, которое идет от блока питания и используется, помимо вентилятора, другими устройствами?
В гнезде, где он был изначально подключен, как раз такой контроль и осуществлялся, напряжение (читайте, обороты) изменялось в зависимости от температуры охлаждающегося устройства. Информация о оборотах вентилятора снималась со встроенного в него (вентилятор) датчика, и передавалась на обработку.

Для начала запустите Everest, и найдите раздел "датчик" чтобы убедится в исправности датчика температуры.
А потом, я думаю, лучше всего будет попробовать использовать новый (другой, заведомо рабочий) вентилятор подходящих характеристик и подключить его в родной разъем. ИМХО - вышел из строя датчик оборотов, встроенный в вентилятор.

Удачи!