[Vadikan]

Ваш ответ подразумевает что нет ни какой возможности добавить в эту папку свои манифесты? »

Я этого не говорил, но это мега-неправильно. Подумайте сами - для этого вы должны порушить системные разрешения на папки, а потом их правильно восстановить. Зачем рисковать стабильностью работы системы? Я не буду объяснять, как это делать, ибо такие программы нужно душить в зародыше

Ищите по форуму, TrustedInstaller обсуждался не раз и WinSxS тоже (в обсуждениях последней вы найдете проблемы, которые возникают, когда пользователь лезет туда кривыми руками).

P.S. Да и вообще, не поверю, что нужно именно туда класть свой манифест.