[Amigos]

TUKernel.exe каким-то образом его подменяет? »

да.
TU не трогает родные ядра, создаёт на их основе своё.

сетапник доходит до T33 (установка устройств) и дальше не идет. »

перезагрузиться, запустить LiveCD, посмотреть что в c:\WINDOWS\setupapi.log и прочих логах

Волнуют вопросы - что же я все-таки сделал не так »

или всё таки ядра испорчены, или что не так интегрируется.

проверить просто, возьмите 4 оригинальных ядра и интегрируйте их так же как и модифицированные.
если ошибка пропадёт, значит ошибка при модификации ядер
если ошибка останется и с оригинальными ядрами, значит проблема в интеграции