Код:

@Echo Off
Set Folder=ваша_папка_с_файлами
For %%I In (%Folder%\*) Do ваше_приложение %%I
В зависимости от типа приложения может понадобится команда
Start /Wait для его запуска:
Код:

@Echo Off
Set Folder=ваша_папка_с_файлами
For %%I In (%Folder%\*) Do Start /Wait ваше_приложение %%I