[vovchek]

Ну в XP например это делает каспер с закончившейся лицензией. Через несколько минут постоянно о себе напоминает. Убираешь окно вниз, закрывать бесполезно. Но каждый раз верхнее окно становится неактивным. Похоже и у вас какой то процесс пробегает. Уж больно похожи симптомы. По 7 опыта мало.
Какой нибудь монитор процессов, с непрерывной записью лога. Для XP предложил бы Anvir Task Manager попробовать, а для 7 даже не знаю.