Надеюсь, кому-нибудь эта информация пригодится:
у папки с файлами, которые используют desktop.ini должен быть аттрибут "Только для чтения".
Пример использования:
Код:

SET UserPath=%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs
ROBOCOPY "%UserPath%" "%UserPath%\Internet\Browsers" "Internet Explorer*.lnk" /IS /MOV
ATTRIB +R -A -H -S "%UserPath%\Internet"
if not exist "%UserPath%\Internet\desktop.ini" (
cmd.exe /U /C "echo.>>"%UserPath%\Internet\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo [.ShellClassInfo]>>"%UserPath%\Internet\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo LocalizedResourceName=Интернет>>"%UserPath%\Internet\desktop.ini""
)
ATTRIB -R -A +H +S "%UserPath%\Internet\desktop.ini"
ATTRIB +R -A -H -S "%UserPath%\Internet\Browsers"
if not exist "%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini" (
cmd.exe /U /C "echo. >>"%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo [.ShellClassInfo]>>"%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo LocalizedResourceName=Браузеры>>"%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo [LocalizedFileNames]>>"%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo Internet Explorer.lnk=@%windir%\System32\ie4uinit.exe,-734>>"%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini""
cmd.exe /U /C "echo Internet Explorer (64-bit).lnk=@%windir%\System32\ie4uinit.exe,-735>>"%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini""
)
ATTRIB -R -A +H +S "%UserPath%\Internet\Browsers\desktop.ini"
EXIT
После использования скрипта стандартные ярлыки Internet Explorer.lnk и Internet Explorer (64-bit).lnk будут перенесены в папку Interner\Browsers (в проводнике русской версии Windows названия папок будут выглядеть как Интернет\Браузеры).