В подобных случаях мне иногда помогает AnVir Task Manager,
http://www.anvir.net/ смотришь по логу какой процесс подвисает, анализируешь если ли повторяемость, опять же смотришь евенты, sata винты болеют шлейфами и контактами, из-за этого в системных событиях - дисковые ошибки, из-за этого тоже возникают тормоза.
