Я обратный отсчет вот так делаю:
bat-файл, в консоли которого и происходит все действо:
Код:

CSCRIPT "%~DP0\Reboot.vbs"
Shutdown.exe -r -t 00 -c "Administrative reboot."
vbs-файл, который вызывается из bat-файла, он, собственно и реализует обратный отсчет на 120 секунд с показом сообщения в консоли каждые 5 секунд:
Код:

For i=120 To 0 Step -5
WScript.echo "The system will be rebooted in " & i & " seconds"
WScript.Sleep(5000)
Next
оба скрипта и файл Shutdown.exe должны лежать в одном каталоге