[Serega]

У меня немного запутанная проблема »

Возможно, что вы не ищите лёгких путей и поэтому для установки дополнений прописываете их в секции [code]...
Можно же использовать секцию [Run]:

Код:

[Run]
Filename: {app}\prog.exe; Parameters: "/s -DefaultSearch=FALSE -StartPage=FALSE"; Description: Установить тулбар; Flags: postinstall skipifsilent skipifdoesntexist
Filename: {app}\prog.exe; Parameters: "/s -DefaultSearch=FALSE -StartPage=TRUE"; Description: Установить домашнюю страницу; Flags: postinstall skipifsilent skipifdoesntexist unchecked 
Filename: {app}\prog.exe; Parameters: "/s -DefaultSearch=TRUE -StartPage=FALSE"; Description: Сделать поиском по умолчанию; Flags: postinstall skipifsilent skipifdoesntexist unchecked

поставить очерёдность »

Замените все ewNowait на ewWaitUntilTerminated