Nurtek, запускать командой:
Код:

wine programm.exe
или можно из файлового менеджера, команда:
Код:

winefile
поменять настройки:
Код:

winecfg
Запускать не от рута, а от обычного пользователя. Как запустить нужную вам программу читайте здесь
http://appdb.winehq.org/