[gora]

Если запустить WinRAR, то видно, что галочки ассоциации проставлены. »

В аддоне ассоциация сделана только с RAR архивами. Галки на остальных типах архивов не должны стоять после установки аддона.

Выхожу из программы (не нажимаю ОК, просто выхожу) - в итоге файлы становятся ассоциированы с WinRAR. »

Если галки установлены, то их кто-то поставил и очевидно сохранил эти настройки. А "просто выхожу" это как? Нажимаете кнопку Отмена?
Файл с собственными настройками WinRAR39.reg используете при установке? Может он лежит рядом с инсталлятором при установке на "живую" систему?