Чтобы добавить сайт в надежные узлы я использую такой скрипт:
Код:

Const HKEY_LOCAL_MACHINE = &H80000002
Const HKEY_CURRENT_USER = &H80000001
Const Intranet = &H1
Const Trusted_Sites = &H2
Const Internet = &H3
Const Restricted_Sites = &H4
TrustedSiteToAdd = "domain.com"
dwValue = Trusted_Sites
set oReg = GetObject("winmgmts:\\.\root\default:StdRegProv")
strKeyPath = "Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\ZoneMap\Domains\" & TrustedSiteToAdd
oReg.CreateKey HKEY_CURRENT_USER,strKeyPath
strValueName = "*"
oReg.SetDWORDValue HKEY_CURRENT_USER,strKeyPath,strValueName,dwValue
Изменяя строки
TrustedSiteToAdd = "domain.com"
dwValue = Trusted_Sites
можно вносить нужные значения в настройки IE.