[Xaegr]

Файл копируется в текущий каталог где лежит bat, т.е. в D:\Temp\UploadFtp, хотя должен копироваться в D:\Temp\UploadFtp\2009. Что не так? »

Попробуйте перед выполнением команды сделать cd в каталог назначения, а ftp.exe передавать уже полный путь на файл скрипта.