Я вчера решил поэкспериментировать и сделал следующее.
На первой сетевухе прописал в ДНС1: сетевая 2, ДНС2:сетевая1, во второй - ДНС1: сетевая 1, ДНС2: сетевая 2 - и netdiag смог все пофиксить и выдал только одну ошибку, над которой и буду сейчас корпеть.
Код:

DNS test . . . . . . . . . . . . . : Failed
[FIX] re-register DC DNS entry 'lenkor.local.' on DNS server '192.168.0.1' succeed.
[FIX] re-register DC DNS entry 'gc._msdcs.lenkor.local.' on DNS server '192.168.0.1' succeed.
[FIX] re-register DC DNS entry 'DomainDnsZones.lenkor.local.' on DNS server '192.168.0.1' succeed.
[FIX] re-register DC DNS entry 'ForestDnsZones.lenkor.local.' on DNS server '192.168.0.1' succeed.
FIX PASS - netdiag re-registered missing DNS entries for this DC successfully on DNS server '192.168.0.1'.
[FATAL] No DNS servers have the DNS records for this DC registered.
Хочется, чтобы все это хозяйство заработало именно на двух сетевых картах.