[vasketsov]

теоретически можно еще до входа юзера в систему, и без всяких прог типа srvany.
[HKLM\System\CCS\Control\Session Manager]
BootExecute:REG_MULTI_SZ
Можешь попробовать здесь.
У меня кое-что запускалось, а кое-что нет, сейчас уже не помню точно.

Можно в NT/2000 принудительно обрабатывать autoexec.bat при загрузке (правда, не советую).

А со свопом проще так выкрутиться. Win98 умеет своп хранить в любом файле, в т.ч. и в pagefile.sys. Ковырять надо в system.ini или в win.ini и не помню точно что. Думаю, если поищешь в инете - найдешь.